Ekološki prihvatljive kompleksne soli imaju nekoliko potencijalnih primjena u farmaceutskom polju. Prvo, istražuju se kao prijenosnici droga. Ekološki prihvatljive kompleksne soli mogu se dizajnirati za kapsuliranje molekula lijeka, korištenjem njihove strukture kompleksiranja za stabilno kapsuliranje molekula lijeka, čime se postiže kontrolirano otpuštanje lijeka. Na primjer, prilagodbom načina kompleksiranja i strukture ekološki prihvatljivih soli za kompleksiranje, oni mogu otpuštati lijekove u skladu s okolišnim uvjetima u različitim dijelovima tijela (kao što su pH vrijednost, koncentracija enzima itd.), poboljšavajući ciljanje lijeka i učinkovitost. Drugo, istražuju se njihove primjene u sintezi lijekova. Ekološki prihvatljive kompleksne soli mogu sudjelovati u reakcijama sinteze lijekova kao katalizatori ili međuprodukti reakcije. Mogu posjedovati jedinstvene elektroničke strukture i kemijske aktivnosti, potičući specifične kemijske reakcije za sintetiziranje novih spojeva s potencijalnom farmaceutskom vrijednošću. Osim toga, istražuju se njihove primjene u otkrivanju droga.
Ekološki prihvatljive kompleksne soli mogu proći kroz specifične reakcije kompleksiranja s određenim molekulama lijeka. Korištenje promjena u fizikalno-kemijskim svojstvima prije i poslije reakcije (kao što su promjene boje, promjene vodljivosti, itd.) može se koristiti za razvoj vrlo osjetljivih metoda detekcije lijekova. Na primjer, na temelju promjene boje koja nastaje kada se ekološki prihvatljive kompleksne soli kompleksiraju s molekulama lijeka, može se uspostaviti kolorimetrijska metoda za otkrivanje sadržaja lijeka. Ova metoda je relativno ekološki prihvatljiva i ima visoku osjetljivost. Također može igrati ulogu u poboljšanju formulacija lijekova. Kombiniranjem s ekološki prihvatljivim solima za kompleksiranje može poboljšati topljivost i stabilnost lijekova, čime se razvijaju-kvalitetnije formulacije lijekova, kao što su formulacije s odgođenim-otpuštanjem i ciljane formulacije.
